Fundada por un jovencísimo Miguel Ángel Díaz Saldaña como marca en 1995, en 2001 se fundó como editorial después de haber sido revista especializada en manga y tienda de cómics en Sevilla.
Su primera publicación fue en mayo de 2001 con Change Up!! (チェンジUP!!), un manga de 3 volúmenes de la editorial Shūeisha que dio paso más adelante a Berserk (ベルセルク) y a Please Save my Earth (ぼくの地球を守って) ambas de Hakusensha. Debido a problemas legales, de distribución, de pagos e impagos; MangaLine realizó nuevas ediciones de sus obras más famosas corrigiendo errores y traducciones, así como mejorando y reorganizando las mismas.
Editó títulos fuera de Japón por primera vez, logró volver a traer City Hunter (シティーハンター) y editar obras tan importantes como Angel Sanctuary (天使禁猟区), Great Teacher Onizuka – GTO (グレート・ティーチャー・オニヅカ), Yura y Makoto o conocida como Futari Ecchi (ふたりエッチ), Saiyuki (幻想魔伝最遊記) o Vampire Princess Miyu (吸血姫美夕), así como lanzar Lupin III (ルパン三世), recuperada en mejores condiciones por Panini Manga al igual que Berserk.
Cesó su actividad en 2008, pero a pesar de todos los errores, hay que reconocerle ser la primera editorial dedicada al manga en Andalucía, alejada del centro empresarial editorial en español que suponen Barcelona y en menor medida Madrid. Amén de traer y revolucionar el mercado en su momento que contribuyó a hacerlo como es, eso sí, a costa de dejar bastantes series con una baja calidad o colgadas. Algunas se han retomado, otras serán más difíciles, pero otras sin duda volverán a llegar.